文句ない素晴らしいへやならめちゃいい賃貸へ！！

・身内でないので特に階層で住む場合、音の問題が問題になりやすいが、木造でこれを満足できるレベルに解決するのは非常に困難であり、構造的に難しい（戸建で身内なら気にならないが）。又、前述の階層区画（界床）の話があり、原則、長屋の界壁に準じた扱いを指導されるので、防音、防火の区画が必要でありコストUPに繋がる。
などですね。多分、考えておられるより、（単純に2階建て建てて2階部分を貸すという程度）検討条件は多いと思います。
はじめの建ぺい/容積＝50/100も街中としてはきびしめなので、計画上しんどい上に、条件としてロスがでる住宅/賃貸併用なので総合的に見て投資に応じた満足（リターンやプラン、長い目含めて大きな目で見て）が得られるかは、あくまで一般論ですが非常に難しいとは思いますので、場合によって最初から戸建として計画した方が総合的に良い場合もあります。
将来も完全分離2世帯として使う予定があるなどならこの限りではないけど、内部に階段は無いとしてもそれぞれがマンションの2LDK～3LDK規模なので戸建としてはそれぞれがちょっと狭いですよね。（敷地が狭いので外部階段でそれを建ぺい・容積除外できる計画条件で作らないとしんどいですね）
尚、木造が良いか、軽量鉄骨かに関しては、現実にはヘーベルでも所詮は軽量で振動には弱いし床音は聞こえますので、必ずしもどちらが良いと言えませんが、ヘーベルなどのほうが法的な界床区画などが取りやすく、音に対応するシステムがオプションであるので賃貸なら向いてるし計画しやすいでしょう（一般論）。
又、賃貸で貸すときに、現地見れば木造でも鉄骨でも新しさや設備の差だけで差はさほどないと思いますが、募集かけるのだと木造＜鉄骨＜コンクリートと書きますから当然見るほうはその順で一般に良いと見るのが普通です。
ただ、それらで良い仕様に決めても高めになると思うので、投資コストに見合うかはあります。
賃貸経営の場合は、あなたが周辺事情を考えるよりもっとシビアな事が想定されます。 従って、簡単に物を考えてまず。
あなたがその土地で収益を稼ごうとされているか、自宅のローンの補てんをしたいだけなのかが問題です。
建物建築の為にいくら出資できて、手残りをいくらに設定するかです。
正直、今の計画で行くと自宅併用の建築費用に見合った収入は見込めないと思います。
建築面積の割には、建ペイ率・容積率は厳しいのであえてそこに数千万もかけて賃貸住宅を建てるのは的外れかと思います。
道路付けや敷地形状は不明ですが、例えば自宅のみを必要最小限に建築し、あまりの部分を貸し駐車場をする。